決済手段の設定画面は、ECインスタンス設定画面より行えます。

メインメニューからECインスタンス（ここでは「ストア」）を選択し、サブメニューより「設定」をクリックしてください。
ECインスタンス設定画面が開きます。

続いて「決済手段設定」をクリックしてください。決済手段の設定画面が開きます。

登録されている決済手段が一覧表示されます。

決済手段設定画面のをクリックすると、決済手段追加ダイアログが開きます。

決済手段名	決済手段名を入力してください。
決済代行サービス	決済代行サービスを使用する場合は、連携済の外部サービス一覧より選択してください。 決済代行サービスごとの連携方法については、以下をご参照ください。
決済手数料	この決済手段を選択した際に決済手数料を加算することができます。
注釈文	この決済手段に関する注釈文を入力してください。
固有設定	で決済代行サービスを選択した場合は、固有設定が必要な場合があります。 固有設定の項目は、各決済代行サービスによって異なります。 詳しくは、以下をご参照ください。
対応配送業者	この決済手段に対応できる配送業者を選択してください。

決済手段一覧より、編集したい決済手段を選び、をクリックしてください。

決済手段の編集画面が表示されます。
編集画面は、決済手段追加画面と同様です。

決済手段一覧より、削除したい決済手段を選び、をクリックしてください。

確認ダイアログが表示されます。
本当に削除する場合は「OK」を、やめる場合は「キャンセル」をクリックしてください。

決済手段の表示順を並び替えるには、決済手段一覧において「決済手段並び替えモード」に移行します。

決済手段一覧直上にあるをクリックすると、決済手段の並び替えが行えるようになります。
移動したい位置に決済手段をドラック＆ドロップすることで、決済手段を並び替えることができます。